El tiempo es un factor importante a la hora de planear tu viaje a São João da Boa Vista, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son septiembre y octubre, con una temperatura promedio de 22 °C, mientras que los meses más fríos son julio y junio, con un promedio de 18 °C. Los meses más lluviosos en São João da Boa Vista son enero, diciembre, noviembre y febrero, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 224 mm.