El tiempo es un factor importante a la hora de planear tu viaje a Yonaguni, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son agosto y julio, con una temperatura promedio de 28 °C, mientras que los meses más fríos son enero y febrero, con un promedio de 20 °C. Los meses más lluviosos en Yonaguni son mayo, agosto, septiembre y junio, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 280 mm.