El tiempo es un factor importante a la hora de planear tu viaje a Prilep, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son agosto y julio, con una temperatura promedio de 21 °C, mientras que los meses más fríos son enero y febrero, con un promedio de 3 °C. El promedio de precipitaciones anuales en Prilep es de 592 mm.