El tiempo es un factor importante a la hora de planear tu viaje a Cuetzalan del Progreso, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son mayo y abril, con una temperatura promedio de 19 °C, mientras que los meses más fríos son enero y febrero, con un promedio de 14 °C. Los meses más lluviosos en Cuetzalan del Progreso son septiembre, agosto, junio y julio, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 322 mm.